Nước dùng bún bò Huế không chỉ có vị ngọt từ xương bò, giò heo và hương sả. Mắm ruốc bổ sung vị mặn sâu cùng mùi lên men đặc trưng, giúp món ăn khác rõ với nhiều loại bún nước khác.

Mắm ruốc phải xuất hiện vừa đủ. Thiếu ruốc, nước dùng dễ giống nước hầm thịt với sả; dùng quá nhiều, mùi ruốc sẽ lấn át vị ngọt của xương và thịt.

Cách làm phổ biến là hòa mắm ruốc với nước lạnh, để khoảng 20 phút cho cặn lắng xuống rồi chắt lấy phần nước trong. Nước ruốc sau đó được cho từ từ vào nồi nước hầm để người nấu dễ kiểm soát độ mặn và mùi.

Thao tác này giúp nước dùng thơm mắm ruốc nhưng không bị nhiều cặn hoặc quá nồng. Một số cách làm còn đun riêng nước ruốc và hớt bọt trước khi cho vào nồi.

Một nồi bún bò Huế thường gồm xương bò, bắp hoặc nạm bò, giò heo, bún sợi to, sả, hành, mắm ruốc Huế, nước mắm, đường phèn, dầu điều và ớt.

Tùy cách nấu, tô bún có thể thêm chả cua, huyết, hành lá, ngò gai, bắp chuối, rau muống chẻ và giá. Sả tạo hương thơm, dầu điều và sa tế tạo màu đỏ cam, còn mắm ruốc đảm nhiệm phần vị nền đặc trưng.

Xương và thịt được chần sạch rồi hầm ở lửa nhỏ, thường xuyên hớt bọt. Giò heo và bắp bò cần được vớt ra khi vừa mềm để không bị nhừ.

Sau khi nước xương đã đủ vị, cho sả đập dập và phần nước mắm ruốc đã lắng vào từ từ. Cuối cùng mới điều chỉnh bằng nước mắm, đường phèn và sa tế. Nước dùng đạt yêu cầu phải có vị ngọt từ xương, thơm sả, cay nhẹ và nhận ra mắm ruốc nhưng không có mùi gắt.

Lượng mắm ruốc, độ cay và vị ngọt có thể được điều chỉnh theo từng gia đình hoặc vùng phục vụ. Tuy nhiên, phần nước dùng vẫn cần giữ được sự cân bằng giữa xương hầm, sả và mắm ruốc; không nên chỉ dùng sa tế hoặc gia vị đậm để thay thế cho vị ruốc.

Mắm ruốc được làm từ nguyên liệu thuộc nhóm giáp xác. Người dị ứng tôm hoặc các loài giáp xác cần tránh món có mắm ruốc, kể cả khi chỉ dùng một lượng nhỏ trong nước dùng.

Mắm ruốc, nước mắm và nước dùng đều có thể làm món chứa nhiều natri. Người cần hạn chế muối nên dùng ít nước dùng và không thêm quá nhiều nước mắm hoặc sa tế mặn tại bàn.